O PROESQ mantém compromisso de ensino médico há aproximadamente 20 anos. Atualmente recebe residentes de psiquiatria de segundo ano da Universidade federal de São Paulo ( UNIFESP) por um período de três meses. Durante o estágio são responsáveis pelas avaliações de casos novos. Todos recebem supervisão semanal, alem de participarem das atividades regulares do ambulatório, se familiarizando com o atendimento multidisciplinar e com os seminários de atualização.

Além dos residentes de segundo ano, o PROESQ oferece estágio de um ano para residentes de terceiro ano (R3) e estagiários vindos de outras instituições. Este grupo é responsável pelo atendimento regular de pacientes do programa, com foco em casos específicos, aprimoramento do uso da clozapina e de medicações d depósito. Todos os residentes realizam supervisão semanal coordenada pelos Professores Rodrigo Affonseca Bressan e Itiro Shirakawa.

Dentre o programa anual de ensino médico, os residentes e estagiários, participam de seminários regulares de psicopatologia e journal club para atualização em temas médicos além de seminários sobre redes de atendimento em saúde mental.

Os residentes também participam de reuniões clínicas quinzenais onde apresentam casos específicos para a equipe multidisciplinar além de apresentarem resumos de atualização sobre temas relevantes referentes aos casos clínicos.